Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
được diễn ra sau khi những người sinh sống đều là công dân của một ngôi làng hẻo lánh bắt đầu chết hết trong số đáng báo động, bác sĩ trưởng bệnh viện duy nhất của cố gắng tuyệt vọng để cứu bệnh nhân của mình, nhưng những nỗ lực của mình là vô ích. Toàn bộ gia đình đang bị xóa sổ trong khi những người khác rời bỏ nhà cửa của họ
Hiiragi Seiichi là một kẻ xấu xí xấu xí, đáng ghét, bẩn thỉu; đây là những lời châm biếm ném vào anh ta một cái khác về sự xuất hiện của anh ta. Đó là cuộc sống hằng ngày của Seiichi về bắt nạt, vì lý do nào đó, một ngày nào đó khi trường học ra đời, một tiếng nói rằng chính là một Thượng Đế đã nói qua hệ thống PA để chuẩn bị được đưa tới một thế giới khác.