Trong tương lai, Nhật Bản là vùng đất khô cằn. Ở Sa mạc Kantou, rải rác con người tìm kiếm sự sống trong cát bụi. Trong số họ, có một tên lùn là " Sunabouzu" sống bằng công việc của thợ săn tiền thưởng. Trông công việc anh ấy là vô địch thiên hạ. Nhưng đứng trước vếu thì anh cũng giống như bao người đàn ông khác.
Pokemon best wishes là câu chuyện mới nhất trong loạt phim hoạt hình Pokemon gắn liền với việc xuất hiện của Pokemon Black & White. Trong loạt phim này có nhiều sự thay đổi lớn, chẳng hạn Satoshi có thêm bạn đồng hành mới, nhóm Hỏa Tiễn trở nên chuyên nghiệp hơn, hệ thống Pokemon với tuyệt chiêu mạnh mẽ và đẹp mắt hơn. Sau khi khởi hành từ Takeshi và Hikari, Satoshi quyết định cuộc phiêu lưu của mình vào vùng đất của Isshu. Thực hiện các cuộc phiêu lưu mới của mình cùng pikachu và 2 người bạn
Câu chuyện xoay quanh một cô bé tên là Sana, người là một trong những đứa trẻ nắm giữ sức mạnh của "Giấc mơ của Alice", một khả năng cho phép cô thực hiện bất cứ điều gì cô tưởng tượng. Sau khi thoát khỏi phòng thí nghiệm nơi cô ấy là một đối tượng thử nghiệm, Sana kết thúc trong một thế giới bình thường, nơi cô gặp một người đàn ông tên là Zouroku, nhưng anh ta sẽ giúp cô ấy chứ?
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.