Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.
Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
A direct continuation of Shikabane Hime: Aka, taking place six months after Tagami Keiseis death at the hands of the Shichisei (Seven Stars), a group of elite Shikabane who act on more than just regrets. As per Keiseis dying wish, Kagami Ouri formed a temporary contract with Makina to save her from degenerating into a Shikabane.
Con người từ xưa đã sống dưới sự bảo hộ của phù thủy, họ tôn kính, biết ơn và đồng thời cũng cảm thấy ... KHIẾP SỢ trước năng lực của các phù thủy. Con người muốn nổi dậy, muốn chứng minh rằng thế giới hiện nay là do họ làm chủ
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá