phim tiếp nối câu chuyện ở phần 1 Kanuu và Chouhi của nhóm giải cứu một cô gái bí ẩn, những người thực sự là Ryuubi thực, cô tên và thanh kiếm gia truyền đánh cắp sau khi các sự kiện của mùa giải trước
Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Câu truyện xoay quanh Nanase Haruka, một chàng trai luôn thích được ngâm mình và bơi trong dòng nước. Trước khi học hết Tiểu Học, anh tham gia một giải bơi cùng những người bạn trong CLB bơi của mình, Tachibana Makoto, Hazuki Nagisa, và Matsuoka Rin.
Thời là thời đại Mạc Phủ. Nơi là không còn là Kinh Đô (Kyoto), mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một cô bé tên Yukimura Chizuru trên con đường tìm kiếm cha mình đã lạc vào Tân Đảng và cùng chiến đấu