Vào năm 2100, một dự án khám phá sức mạnh mới của năng lượng. Amami Kurau là con gái của nhà khoa học chính của dự án, và vào ngày sinh nhật lần thứ 12 của cô, cô đi cùng cha cô đến phòng thí nghiệm để theo dõi các thí nghiệm. Sau đó, Kurau bị 2 luồng ánh sáng đánh trúng và sở hữu những khả năng phi thường.
Ngày xửa ngày xưa (thật ra là chỉ khoảng vài 100 năm trước thôi), 7 búp bê tuyệt đẹp đã được một người tên là Rozen làm ra. Những búp bê này được gọi là Rozen Maiden, và chúng không chỉ xinh đẹp mà còn có thể hoạt động như người thường (và còn có phép thuật nữa). Tuy nhiên, Rozen đã bỏ rơi họ và đi đâu không ai biết. Những Rozen Maiden chỉ biết rằng muốn gặp lại cha, họ phải trở thành Alice, danh hiệu dành cho búp bê đẹp và hoàn hảo nhất. Và sau vài thế kỷ, những Rozen Maiden vẫn tiếp tục trò
Will, một cậu bé con người được sinh ra với ký ức mơ hồ về kiếp sống trước của mình. Cậu được ba undead nhận nuôi từ khi chỉ mới lọt lòng. Suốt thuở ấu thơ sống tách biệt với thế giới bên ngoài, cậu vô thức nhận ba kẻ dị loài kia trở thành gia đình của mình khi nào chẳng hay. Song tuy hạnh phúc là thế, dường như ba undead vẫn còn dụng ý nào khác?
câu chuyện xảy ra trong một trại hè, 15 trẻ em, 8 nam và 7 nữ, tìm thấy một hang động biển. Sâu thẳm trong họ phát hiện ra máy tính làm việc và một số thiết bị điện tử, và sau đó là chủ sở hữu, một người đàn ông được gọi là Kokopelli.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng