câu chuyện của Shinpei Ajiro, một cậu bé có cha mẹ qua đời khi cậu còn rất nhỏ và sau đó được nuôi dưỡng bởi hai chị em Mio và Ushio. Ajiro, bây giờ là một thanh niên, trở về quê hương bên bờ biển của mình sau khi biết rằng Ushio đã chết đuối trong một tai nạn thảm khốc.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Nakajima Atsushi bị đuổi khỏi trại trẻ mồ côi và giờ cậu ta không biết phải đi đâu cũng không có gì để ăn. Khi cậu ta đang đứng cạnh bờ sông, gần như chết đói, cậu cứu sống một người đàn ông đang cố tự tử.
Câu chuyện xoay quanh “Mob”, một cậu bé sẽ phát nổ nếu cảm xúc của mình đạt 100%. Cậu bé này có sức mạnh siêu nhiên và có biệt danh là “Mob” bởi vì cậu không nổi bật giữa mọi người.
Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.