Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.
Câu chuyện lần này sẽ theo chân một cậu trai trẻ từ Hawaii, Rio Hojo. Cậu bị kéo vào thế giới metaverse này và bắt đầu học “nghệ thuật” ráp Gunpla cũng như sử dụng chúng để chiến đấu và cuối cùng tham gia vào giải đấu Gunpla toàn thế giới.
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Xung quanh 180000 cư dân sống tại Thành phố Tachikawa, “thủ phủ thứ 2” của Tokyo là “Gatchaman” – những chiến binh chiến đấu trong các bộ giáp đặc biệt được cung cấp năng lượng bởi “NOTE”, một dạng năng lượng siêu nhiên tồn tại trong cuộc sống.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".