Đánh nhau, điều khiển robot, giải phóng quê hương đất nước. Sometime in the distant future, mankind is forced to live in domed cities while the rest of the world is left to recover from years of environmental hardships. In the Siberian Dome-polis, professional gamer Gainer Sanga and mercenary Gain Bijou commandeer an Overman and lead a mass exodus out of the city.
Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù không xác định, Unknown, bất ngờ xuất hiện. “Cơ quan phát triển đường sắt siêu tiến hóa” đã phát triển “Shinkalion”, một robot biến hình thành tàu cao tốc, như một biện pháp đối phó với mối đe dọa này.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Tại thành phố Judoh, Claire Leonelli được thừa kế quyền lãnh đạo nhóm Mafia "Vampire" sau cái chết của cha mình. Để giữ cho Claire và các hoạt động tội phạm khác trong tầm kiểm soát, Cục An toàn Đô thị của thành phố có đặc nhiệm Daisuke Aurora của Bộ phận Dịch vụ Đặc biệt và siêu android có mật danh "J"
Tôi chỉ muốn một chút hạnh phúc. Miyo Saimori, một cô con gái sinh ra trong một gia đình giàu có nhưng cô thật chất bị đối sư rất tệ bạc. Cô được chị gái cùng cha khác mẹ đối xử như một người hầu.Một đứa con gái không được cha mẹ yêu thương và không cần đến ai.