Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt
Năm 2005, một virus máy tính được gọi là Pluto Kiss đã tắt và hạn chế một cách hoàn toàn mạng lưới Inteet toàn cầu. Năm 2007, sau khi hủy bỏ mạng lưới rộng lớn, 1 game MMORPG mang tên The World được phát hành.Tsukasa đột nhiên tỉnh dậy và thấy mình đang ở trong The World.
Trong tương lai xa, chiến tranh đã hủy diệt toàn bộ Trái đất, chỉ để lại một vùng đất hoang cằn cỗi, nơi nguồn cung cấp nước được kiểm soát bởi tên vua tham lam. Để tìm kiếm một hồ nước đã mất tích từ lâu, cảnh sát trưởng Rao đã nhờ đến sự giúp đỡ của vua quỷ
Kirito tỉnh dậy trong một khu rừng rộng lớn, hoang sơ đầy những cây cao chót vót. Trong cuộc tìm kiếm manh mối về sự thật xung quanh, anh gặp một cậu bé có vẻ quen biết anh.
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu