Ashito Aoi là một cầu thủ bóng đá trẻ, đầy khát vọng đến từ một thị trấn vùng nông thôn ở Nhật Bản. Hy vọng vào được một trường trung học với một câu lạc bộ bóng đá giỏi đã tan thành mây khói khi anh gây ra một sự cố trong một trận đấu quan trọng cho đội của mình, dẫn đến việc họ bị loại và bị loại khỏi giải đấu
Quyết tâm chiến thắng giải J cadet (giải đua mở rộng dành cho các tay đua thiếu niên Nhật Bản), Capeta ráo riết đuổi theo Isamu và Takeshi, hai tay đua của Autohouse. Cuối cùng, cậu đã vượt qua hai tay đua trên và giành chiến thắng tại vòng đua cuối.
Một sát thủ Đài Loan trẻ có tên mã là Glass Heart tự tử bằng cách nhảy ra khỏi một tòa nhà, và trái tim của cô đã bị xuyên thủng bởi hàng rào bằng kim loại. Thật kỳ diệu, cuộc sống của cô đã được cứu bởi cấy ghép tim.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.