Cốt truyện được tiếp nối sau sự kiện Thương Khốc Ma Long. 20 năm trôi qua, Kouga đã trao lại bộ giáp và danh hiệu của mình cho con trai là Saejima Raiga. Saejima Raiga có nhiệm vụ trừ khử 9 Ma thú được phong ấn trong một tảng đá thời cổ đại để phong ấn kẻ thù đầy sức mạnh Ma thú Eiris (Giọt nước mắt của Messiah).
đứa con thứ hai là Thạch Trung Kiên đã bị Mai Phương Cô yêu thầm Thạch Thanh hại chết, con lớn là Thạch Trung Ngọc được Mẫn Nhu yêu chiều quá mức nên tình tình vô pháp vô thiên. Thạch Thanh bất đắc dĩ phải đưa Thạch Trung Ngọc đến thành Lăng Tiêu học nghệ, chớp mắt đã qua ba năm.
Vào Triều Minh năm Thiên Khởi, trong cuộc chiến tranh giành, tướng quân Nhật Bản Tiểu Trạch Chính Hùng bị yếu thế, hắn đã dẫn quân chạy đến vùng duyên hải Trung Quốc, liên kết với hải tặc gây họa cho Trung Quốc. Lúc đó, hoàng đế Minh triều còn nhỏ, Thái giám Vương Ký chuyên chính. Hắn âm mưu đoạt bị, hãm hại trung thần, hủy hoại triều đình. Từ Tử Hào là con của tổng binh Kinh Đô Từ Siêu. Cha cậu luôn muốn bảo vệ kỉ cương triều đình. Vì vậy cả nhà Tử Hạo đã bị Vương Kí hãm hại, chỉ có Tử Hào
Hoàn mỹ nam Thành Dương cùng Quân Vô Cữu giỏi suy luận tạo thành Tu Mi Tổ, ngự tỷ võ công siêu quần Tô Văn Nguyệt và Âu Dương Sở Sở cổ linh tinh quái hợp thành Căn Quắc Tổ.
Triều nhà Minh, gian thần tác loạn, giặc Oa (thuộc Nhật Bản) quấy nhiễu, dân chúng lầm than. Đệ tử tục gia Thiếu Lâm là Dương Thứ cùng tướng lãnh Cẩm Y Vệ - Mã Thiên Thu, vương công thế tử Chu Thần Quân kết bái huynh đệ, cùng nhau đối phó tên thái giám ác bá "Cửu Thiên Tuế".