Tiếp theo phần 1. Có điều phần 2 này hơi bị romance đấy. Phần 2 này nổi bật lên cặp Chizuru và Masaki gây nên nhiều pha cảm động. Còn có 1 tình cảm nhẹ nhàng của chàng Yuki. Còn mối tình nào nữa không thì quên rùi. Và cuối cùng là cả đám tốt nghiệp
Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Mashiro Moritaka, một học sinh trung học rất nhàm chán với cuộc sống hiện tại và cả tương lai mờ mịt của mình, cậu chỉ duy nhất có tài năng vẽ. Bỗng đến một hôm, một người bạn cùng lớp tên Takagi Akito đã đề nghị cậu cùng hợp tác làm manga, do kinh nghiệm từ người chú của mình vốn cũng từng là một mangaka thất bại nên Mashiro đã rất đắn đo trước đề nghị này. Với sự giúp đỡ của Takagi, cậu đã giúp cho Mashiro tỏ tình với người mà Mashiro thích, Azuki Miho. Và với mong muốn sau này sẽ kết hôn với
Kitakubu, tiếng lóng của người Nhật chỉ những học sinh đi đến nơi về đến chốn, tan học là mái nhà thẳng tiến, chả CLB hay hàng quán gì sất, nói chung là ko la cà, nghe lời cha mẹ các kiểu. Ấy vậy mà ở 1 ngôi trường nọ, có mấy ẻm "kitakubu" chẳng biết sao lại châu đầu với nhau lập nên cái "CLB cắp cặp về nhà" (dafu, theo định nghĩa là ko tham gia clb cơ mà?!). Cầm trịch đám hot girls này là Sakura.
Một phần mới Với những câu chuyện từ manga không được chuyển thể trong anime chính. Featuring stories from the manga not adapted in the main anime.