Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Câu chuyện kể về cô bé Yuuko Yoshida, 15 tuổi. Một buổi sáng nọ, cô bé đã thức tỉnh sức mạnh quỷ dữ của mình và cô được giao cho nhiệm vụ là đánh bại một cô gái pháp thuật gần nơi cô ở. Yuuko mọc cả sừng và đuôi, như một con quỷ thực thụ, thế nhưng sức mạnh của cô còn yếu hơn cả một người bình thường?! Cô đang vật lộn để xóa bỏ lời nguyền khiến cô mất 40.000 yên mỗi tháng… Hẳn đây là nàng quỷ ăn nhiều “hành” nhất thế giới rồi!
Usagi Tsukino là một trung nữ sinh năm thứ nhì đang là một chút vụng về và hay khóc, nhưng cô ấy tràn đầy năng lượng. Một ngày, cô gặp Luna, một con mèo đen với một mặt trăng lưỡi liềm trên trán của cô, và cô ấy biến thành thủy thủ moon, một người giám hộ khá thủy thủ mặc đồng phục của tình yêu và công lý! là một người giám hộ lựa chọn của công lý, Usagi dường như có một sứ mệnh tìm illusionary bạc pha lê với những người bảo vệ khác và bảo vệ công chúa.
Tại thành phố Nagasaki, câu chuyện diễn ra trong một thế giới nơi một lượng ma thuật nhỏ vẫn còn tồn tại trong cuộc sống hàng ngày. Hitomi Tsukishiro là một hậu duệ 17 tuổi của một gia đình phù thủy lớn lên với những cảm xúc, khi cô mất đi cảm giác về màu sắc từ khi còn rất nhỏ.