Câu chuyện tập trung vào nhân vật chính 16 tuổi sau khi được chuyển đến Trung học Shujin ở Tokyo. Ở lại với bạn bè của cha mẹ mình, anh gặp hai bạn học,và biến hình sinh vật giống như con mèo được gọi là Morgana.
Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Vào thời Minh Trị, khi Nhật Bản đang bắt đầu thay đổi, có một nhóm Youjin (Quỷ Nhân) cũng đang ra sức thay đổi quan niệm của con người về họ. Liệu Quỷ Nhân có thật sự đáng sợ và gieo rắc kinh hoàng cho con người? Hay họ cũng giống như chúng ta, cũng có quỷ tốt và quỷ xấu?
Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
Sasha is partnered with Hana as his new Maria. They infiltrate an all-girls academy, forcing Sasha to crossdress, in search of a Qwaser-related artifact called the Magdalena of Thunder which has appeared in one of the students. However, they have some competition in their search of it.