Daisuke Niwa là một cậu bé 14 tuổi với một khả năng di truyền đặc biệt: mỗi khi cậu nhìn thấy hay nghĩ tới một cô bé mà cậu thích, Risa Harada, cậu biến thành siêu trộm khét tiếng Dark. Satoshi Hiwatari là một học sinh chung trường với Daisuke và cặp song sinh nhà Harada, và cũng là người chỉ đạo đội cảnh sát điều tra về Dark.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Bojji, một hoàng tử bị điếc, bất lực, thậm chí không thể sử dụng thanh kiếm của trẻ em. Là con trai đầu lòng, anh phấn đấu hết mình và ước mơ trở thành vị vua vĩ đại nhất thế giới. Tuy nhiên, mọi người đồn thổi về anh sau lưng anh là "một hoàng tử chẳng ra gì" và "không thể nào anh có thể làm vua được.
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.
Nữ thần Rista được giao cho nhiệm vụ cứu rỗi thế giới với độ khó lên đến cấp S. Cô đã triệu hồi một người anh hùng đến trên thế giới ấy để giúp cô đánh bại quỷ vương. Vị anh hùng cô triệu hồi chính là Seiya – một người có sức mạnh phi thường đến phi lý.