Câu chuyện bắt đầu với Hiromi Maiharu, một cô gái mới chuyển từ Nagasaki tới Kamakura. Cô bắt đầu một ngày ở Kamamura và ở trường bằng cách đi xe đạp nhưng cô đã không đạp xe từ rất lâu. Trên đường dự lễ khai giảng đầu năm, cô đã gặp Tomoe Akitsuki và Tomoe đã giúp cô ấy luyện tập xe đạp cho tốt hơn.
Studio Comet hình như có dự định sẽ làm phần 3 cho School Rumble, lấy tên là San Gakki. Nội dung của phần này sẽ là những sự kiện xảy ra ở học kỳ 3 trong manga (tức là tiếp nối ngay sau kết thúc Ni Gakki).
Ngay khi bước vào trường trung học, sinh viên năm nhất Koshiyama Shiki đã được mời đến Group bí mật tên Quiz Study do senpai của cậu đứng đầu. Shiki chạy đến khi bị kéo bởi cô bạn cùng lớp Mari
lấy bối cảnh tại trường cấp III Hikarizaka tại một thị trấn nhỏ của Nhật. Okazaki Tomoya là một học sinh năm 3 lười nhác, không chịu học hành cẩn thận. Cậu ta thường xuyên đi học muộn, lơ là, chểnh mảng việc học, trong khi các bạn đang tập trung ôn luyện chuẩn bị cho thi cử. Tất nhiên là cậu ta không có nhiều bạn thân.
Câu chuyện xoay quanh một tên Otaku tên là Tomoya Aki, cậu đang đi làm thêm để có đủ tiền mua được bộ anime bản Blu-Ray mà cậu yêu thích. Trong kì nghỉ xuân, cậu tình cờ gặp được một cô gái xinh đẹp trên đường về nhà, và cô gái đó giống y chang mẫu nhân vật trong các doujin game mà cậu hằng ao ước. Nhưng đến mãi sau này cậu mới nhận ra rằng cô ấy tên là Megumi, học cùng lớp với cậu