Một thành phố hư cấu có tên Kazamatsuri, chính sách bảo vệ cây xanh và trồng rừng đã biến nơi đây thành thiên đường xanh mát với nhiều thảm cỏ và hoa trên đường tương tự như những tòa nhà mọc chen chút nhau trong các thành phố lớn.
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Yuta Hibiki không thể nhớ mình là ai, một giọng nói kỳ lạ từ một chiếc máy tính cũ xưa mà chỉ mình Yuta có thể nghe được. Những hình ảnh về cỗ máy không lồ thoáng qua trong đầu, giọng nói ấy như muốn kêu gọi điều gì? Bỗng nhiên chưa hiểu
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Ryugamine Mikado là một thiếu niên mong mỏi cuộc sống thú vị chốn thành thị. Nhận lời mời của người bạn thời thơ ấu Masaomi, cậu chuyển trường đến Ikebukuro. Masaomi cảnh báo cậu về nhửng người mà cậu không nên chạm mặt ở thành phố: một kẻ hung hãn ăn mặc như phục vụ quầy, 1 tên cò mồi tin tức, một băng nhóm bí ẩn tự xưng là Dollar.