Aqualoid là một hành tinh thịnh vượng, nhưng một cuộc tấn công từ một lực lượng cuộc sống bí ẩn, Inorganics, biến nó thành một cái vỏ hậu khải huyền của cái cũ của nó. Khi Nam tìm thấy một thanh kiếm bí ẩn, anh ta đột nhiên là đối tượng của một cuộc săn đuổi toàn hành tinh.
Trong một ngôi làng nhỏ dưới lòng đất, nơi mà các thông đạo và đường hầm ở khắp mọi nơi. Ngay cả với không gian sống chật hẹp và tối tăm như vậy, người dân ở đây vẫn sống rất vui vẻ. Patema, cô công chúa nhỏ của ngôi làng dưới lòng đất có sở thích khám phá các đường hầm. Nơi ưa thích của cô là "vùng nguy hiểm" nơi đã có lệnh cấm vào (dù chẳng ai biết tại sao).
Câu chuyện xảy ra trong tương lai, khi con người và robot chung sống với nhau, trong không khí thù nghịch và đối đầu nhau. Hai chú cháu nhà thám từ của cậu bé Kenichi rời Nhật Bản đến TP Metropolis để truy bắt tên tội phạm, tiến sĩ Laughton. Nhưng, khi bắt giữ được Laughton, 2 chú cháu lại bị cuốn vào 1 âm mưu khủng khiếp.
Với tông màu chủ đạo gồm những sắc xanh, đỏ, trắng, Kagerou Project chủ yếu xoay quanh về câu chuyện của các thành viên trong Mekakushi Dan (Blindfold Gang - Hội Bịt Mắt =)) ), một băng mà hầu hết các thành viên đều có năng lực đặc biệt về “mắt”, ví dụ như “Che giấu mắt” - năng lực che dấu “sự tồn tại” của bản thân và những người xung quanh hay “Thu hút mắt” - năng lực thu hút sự chú ý của người khác,… Đặc biệt, mỗi khi sử dụng những năng lực này, đôi mắt của các thành viên đều chuyển sang màu
Mười năm trước, nhà khoa học phản diện tiến sĩ Hell dẫn những người theo ác của mình, được gọi là Đế quốc ngầm, trong một cuộc đấu tranh để tiêu diệt tất cả nhân loại. Đó là chống lại các lực lượng mà anh hùng trẻ Kouji Kabuto đã chiến đấu, thí điểm siêu robot huyền thoại Mazinger Z