Theo chân một sát thủ xuất sắc bị lũ gangster phá bỏ lời hứa và rơi vào tay một nhà phẫu thuật cô độc đã biến anh ta thành phụ nữ. Nam sát thủ giờ là một nữ sát thủ lên kế hoạch trả thù, phụ tá là một nữ y tá tên là Johnnie cũng có những bí mật riêng của cô ấy.
Hai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity), Bourne (Matt Damon) và Marie (Franka Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ. Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin. Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dị
Sau khi hoàn thành nhiệm vụ giải cứu một chiếc may bay khỏi không tắc, Yim Dong - một cảnh sát Trung Quốc được cửa đến Lavernia để điều tra gốc rễ của bọn khủng bố. Tại đây, anh gặp lại người bạn gái năm xưa Pun Chan. Một loạt những âm mưu đen tối dần được hé lộ khiến Dong lâm vào thế khó xử.
Đối với nhiều người trong môn thể hình, Calum Von Moger được coi là hình mẫu của môn thể thao này. Một nhà vô địch Mr. Universe hạng nặng, Calum bị cuốn vào cơn bão truyền thông xã hội. Được biết đến với sự tương đồng với Arnold Schwarzenegger và được mệnh danh là Arnold 2.0.
Wesley là người chuyên chịu trách nhiệm về những sự kiện lạ lùng diễn ra trên trái đất. Một ngày nọ, Wesley gặp Fong trong một cửa hiệu đồ cổ đang tìm cách mua một khúc xương màu xanh. Fong là người của hành tinh Lam Huyết, cô đã rờikhỏi hành tinh của mình 600 năm trước để đi tìm quyển sách thiêng của giống nòi mình. Wesley và Fong nảy sinh tình cảm với nhau trong lúc một đội biệt kích được phái đến để truy đuổi Kill và Rape, 2 người thuộc hành tinh Lam Huyết xuống trái đất để bắt Fong về.